Todo comenzó con la idea de albergar a 12 niños menores de 15 años y proveerles alimento y ropa. La Casa se estableció en el 1906 en los bajos del Ayuntamiento de San Juan y en el 1925 se inauguró el edificio en Miramar donde aún está localizada la Casa de niños Manuel Fernández Juncos.

Originalmente los niños usaban uniforme y estudiaban en la misma Casa, también ayudaban en el mantenimiento del lugar para así aprender a valorar lo que se convirtió en su hogar. En un momento también se acogían desertores escolares expulsados por falta de disciplina. Allí permanecían hasta cumplir los 17 años y que pudieran valerse por sí solos.
 

Como fin principal, el proyecto se proponía la corrección moral, inculcándoles sentimientos de orden, trabajo y economía para despertar la inteligencia hacia las prácticas del bien en todas sus manifestaciones.

Actualmente la Junta de Directores y los Religiosos Terciarios Capuchinos (Amigonianos), se ponen al servicio de los muchachos para ayudarles a descubrir sus capacidades y asimilar los valores fundamentales de la vida, de modo que, se conviertan en jóvenes constructores de una sociedad mejor para todos.